Un'altra espressione della vitalità scientifica del Dipartimento è costituita dai Dottorati di ricerca che ad esso fanno riferimento, realtà di alta formazione e di ricerca ormai consolidate e apprezzate a livello nazionale e internazionale.
dal XXIV ciclo (2009-2011):
Dottorato in Storia : indirizzo Storia e geografia d'Europa. Spazi, Linguaggi, Istituzioni e Soggetti in Età' Moderna e Contemporanea.
Coordinatore del Dottorato: Prof.ssa Angela Donati
Coordinatore di indirizzo: Prof.Alberto De Bernardi
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Dottorato in Storia: indirizzo "Storia e informatica"
Coordinatore del Dottorato: Prof.ssa Angela Donati
Coordinatore di indirizzo: Prof.ssa Francesca Bocchi
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Dottorato in Storia: indirizzo "Studi Religiosi:Scienze sociali e studi storici sulle religioni"
Coordinatore del Dottorato: Prof.ssa Angela Donati
Coordinatore di indirizzo: Prof. Mauro Pesce
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dal XXIV ciclo (2009-2011)
Dottorato in Storia: indirizzo internazionale
Comunicazione politica dall'antichità al xx secolo
Coordinatore del Dottorato: Prof.ssa Angela Donati
Coordinatore di indirizzo : Prof.ssa Angela De Benedictis
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Il Dipartimento è consorziato con l'Università di Cagliari per il Dottorato di Ricerca in Storia, Istituzioni e Relazioni Internazionali dell'Asia e dell'Africa Moderna e Contemporanea
Coordinatore: Prof. Emilio Bottazzi
Docenti dell'Ateneo di Bologna:
Prof.ssa Taddia, Dott. Bisteghi,Prof. Papa, Prof. Pistoso
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Il Dipartimento è convenzionato con l'Università di Cagliari per il
Dottorato in Storia moderna e contemporanea
Coordinatore: Prof. Bruno Anatra
Docenti dell'Ateneo di Bologna:
Prof. Gian Paolo Brizzi, Prof.ssa Cesarina Casanova, Prof. Giancarlo Angelozzi, Prof. Massimo Donattini, Prof.ssa Claudia Pancino
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